Нео, очнувшийся от долгого и беспрерывного сна, продолжает помогать своим друзьям, Тринити и Морфеусу, бороться против Армии Машин, заточивших человеческий разум в невидимую и едва осязаемую клетку. Чтобы отстоять право на жизнь и перестать быть игрушками в чужих руках, героям придется прибегнуть не только к арсеналу всевозможного оружия, но и к другим навыкам. Более того, в их рядах есть предатели, готовые в любой момент обнажить свои клыки. Пытаясь спасти оставшихся людей, скрывающихся в глубоких недрах земли и не видящих солнечного света с рождения, соратники изучают сложную конструкцию Матрицы, открывая в ней все новые тайны и многочисленные угрозы. Нео начинает осознавать свою центральную роль в судьбе человечества, но готов ли он ее принять? Опьянев от побед, он мнит себя всесильным, но вскоре ему придется принять реальную истину: необъятного не объять, а бесконечность не победить. Всех спасти невозможно, и порой приходится делать тяжелейший выбор…