Капитан по имени Котлер Стивенс оказывается в теле человека, которого зовут Шон Фентресс. Все это происходит в Чикаго внутри поезда. Там он познакомился с девушкой по имени Кристина. Поезд разрушается чудовищным взрывом перед тем, как Стивенс что-либо понимает.

Далее Котлер просыпается в капсуле. Через монитор компьютера его приветствует женщина в форме военного – Коллин Гудвин. От нее Стивенс узнает, что он находится в “Исходном коде”, т.е. в программе, которая дает возможность вселяться в тело любого человека в восемь последних минут его жизни. Ранее того же дня взорвалась бомба, которая уничтожила полностью поезд. Задача Стивенса – обнаружить эту бомбу и узнать, кто ее создал, прежде чем другая бомба, теперь уже с ядерным зарядом, взорвется в Чикаго, которая унесет жизнь миллионов людей.