Падение на Землю крупного метеорита вызывает среди обитателей планеты многочисленные таинственные смерти, причины которых врачи затрудняются диагностировать. Вскоре выясняется, что планета заселена фантомами, появившимися с упавшего метеорита и убивающими все живое.
Для сохранения человеческой цивилизации люди вынуждены отправиться на околоземную орбиту, где создают космическую жилую базу.
Людям удается разработать средства борьбы с фантомами и после долгих усилий четыре крупных города Земли вновь заселяются ограниченным количеством человек, которым предстоит стать добровольными участниками эксперимента. Помимо защитных экранов оберегающих людей от фантомов, разработано и оружие против них, над технологиями которого работает доктор Сид. Мужчина влюбляется в коллегу Аки Росс, оказывающуюся зараженной инопланетным фантомом. Поиск способов ее излечения приводит к конфликту ученных и военных. Для решения внутричеловеческих разногласий и полного искоренения агрессивной внеземной среды, Сид начинает поиск восьми источников-духов.